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La sección congelada se hace cuando la paciente está en el quirófano; el cirujano no continúa con la operación hasta que el patólogo reporta los resultados de la sección congelada.
En la sección congelada, el patólogo corta hojas delgadas de tejido y rápidamente las congela para poder mirar rápido el tejido. La desventaja de la sección congelada es que el proceso de congelación deforma las células y el método no siempre es acertado.